В соответствии с п. 1 ст. 4 Федерального закона от 22.05.2003 № 54-ФЗ «О применении контрольно-кассовой техники при осуществлении наличных денежных расчетов и (или) расчетов с использованием платежных карт» контрольно-кассовая техника, включенная в Государственный реестр контрольно-кассовой техники, применяемая организациями (за исключением кредитных организаций) и индивидуальными предпринимателями, должна быть зарегистрирована в налоговых органах по месту учета организации или индивидуального предпринимателя в качестве налогоплательщика.

На основании пункта 1 статьи 83 Налогового кодекса Российской Федерации организация, в состав которой входят обособленные подразделения, расположенные на территории Российской Федерации, подлежат постановке на учет в налоговом органе по месту нахождения каждого своего обособленного подразделения.

Согласно п. 15 Положения о регистрации и применении контрольно-кассовой техники, используемой организациями и индивидуальными предпринимателями, утвержденного Постановлением Правительства Российской Федерации от 23.07.2007 № 470, контрольно-кассовая техника, подлежащая применению обособленным подразделением, регистрируется в налоговом органе по месту нахождения данного подразделения.
Таким образом, организация, осуществляющая деятельность через обособленное подразделение, должна зарегистрировать в установленном порядке контрольно-кассовую технику в территориальном налоговом органе по месту нахождения обособленного подразделения, в котором организация поставлена на учет.